海洋浮游生物学：主要研究典型海域浮游生物多样性、群落特征及其与环境之间相互关系；浮游生物与物理化学因素耦合机制及其物流上行和下行调控过程和作用等。
海洋鱼类学：主要研究海洋鱼类生物学，种群和资源生态学、渔业管理、鱼类生物多样性保护等。
海洋动物生理学：采用经典生理学研究方法，结合现代生物学手段，开展海洋动物系统发生和个体发育中的生理特点等研究
海洋生态学：主要研究内湾水域生态系统的结构和功能，养殖水域富营养化及其防治，沿岸退化生态系统的修复与重建，以及海洋鞭毛虫在微型生物生态过程中的作用等
海洋底栖无脊椎动物学：主要研究海洋底栖无脊椎动物的种类、数量、分布及其与环境的关系，生物群落结构、主要经济种类的繁殖生物学和生态学、生物多样性保护等。
海洋动物生化遗传学：以生化和分子生物学技术方法研究海洋动物的遗传和变异机制，主要研究海洋动物群体遗传结构、功能基因的结构和变异及海洋动物的进化机制和演替途径等。
海洋微生物学：主要研究海洋微生物的生态分布、种类组成，海洋微生物的分离、培养及鉴定等
